Дирекция
Ученый совет
Специализированный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций
Отдел по подготовке специалистов в области психиатрии (отдел ординатуры и аспирантуры)
Научные отделы
Отдел по изучению эндогенных психических расстройств и аффективных состояний Отдел детской психиатрии
Отдел по изучению пограничной психической патологии и психосоматических расстройств Отдел по изучению проблем подростковой психиатрии
Отдел организации психиатрических служб Отдел гериатрической психиатрии
Отдел медицинской психологии  
Научные лаборатории
Лаборатория биохимии Лаборатория цитогенетики и геномики психических заболеваний
Лаборатория нейроиммунологии Лаборатория нейрофизиологии
Лаборатория нейрохимии Лаборатория нейровизуализации и мультимодального анализа
Лаборатория доказательной медицины и биостатистики Лаборатория психофармакологии
Лаборатория патофизиологии Лаборатория фармакокинетики
Лаборатория клинической нейроморфологии Лаборатория клинической генетики
Лаборатория молекулярной генетики мозга  
Клиника НЦПЗ
Администрация клиники
Отделение №1 Отделение №2
Отделение №3 Отделение №4
Отделение №5 Отделение №6
Отделение №7 Отделение №8
Поликлиническое отделение Отделение физиотерапии
Приемное отделение Кабинет функциональной диагностики
Клинико-биохимическая лаборатория Консультативно-диагностическая группа отдела по изучению болезни Альцгеймера
Отделение реабилитации Отделение анестезиологии и реанимации
Отделение лучевых и компьютерно-томографических исследований Стоматологический кабинет
Центральная стерилизационная Отделение систем поддержки психического здоровья
Аптека Пищеблок
Научно-вспомогательные подразделения
Музей истории НЦПЗ Научная библиотека
Административно-хозяйственные подразделения
Отдел кадров Бухгалтерия
Канцелярия Планово-экономический отдел
Отдел по организации и проведению государственных закупок Отдел материально-технического снабжения
Штаб гражданской обороны Первый отдел