Дирекция
Ученый совет
Специализированный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций
Отдел по подготовке специалистов в области психиатрии (отдел ординатуры и аспирантуры)
Научные отделы
Отдел по изучению эндогенных психических расстройств и аффективных состояний Отдел детской психиатрии
Отдел по изучению пограничной психической патологии и психосоматических расстройств Отдел по изучению проблем подростковой психиатрии
Отдел организации психиатрических служб Отдел юношеской психиатрии
Отдел медицинской психологии Отдел гериатрической психиатрии
Отдел особых форм психической патологии  
Научные лаборатории
Лаборатория биохимии Лаборатория молекулярной генетики и цитогеномики мозга имени профессора Ю.Б.Юрова
Лаборатория нейроиммунологии Лаборатория нейрофизиологии
Лаборатория нейрохимии Лаборатория нейровизуализации и мультимодального анализа
Лаборатория доказательной медицины и биостатистики Лаборатория психофармакологии
Лаборатория патофизиологии Лаборатория фармакокинетики
Лаборатория клинической нейроморфологии Лаборатория клинической генетики
Клиника НЦПЗ
Администрация клиники
Отделение №1 Отделение №2
Отделение №3 Отделение №4
Отделение №5 Отделение №6
Отделение №7 Отделение №8
Поликлиническое отделение Отделение физиотерапии
Приемное отделение Кабинет функциональной диагностики
Клинико-биохимическая лаборатория Консультативно-диагностическая группа отдела по изучению болезни Альцгеймера
Отделение реабилитации Отделение анестезиологии и реанимации
Отделение лучевых и компьютерно-томографических исследований Стоматологический кабинет
Центральная стерилизационная Отделение систем поддержки психического здоровья
Аптека Пищеблок
Научно-вспомогательные подразделения
Музей истории НЦПЗ Научная библиотека
Административно-хозяйственные подразделения
Отдел кадров Бухгалтерия
Канцелярия Планово-экономический отдел
Отдел по организации и проведению государственных закупок Инженерно-техническая служба
Штаб гражданской обороны