Музей истории ФГБНУ НЦПЗ был создан по решению Ученого совета Центра в 2004 году, когда отмечалось 60-летие со времени его создания как института психиатрии АМН СССР.
Организация музея была поручена профессору, доктору медицинских наук  Д.Д.Орловской, которая стала его научным консультантом. Возглавляет музей старший научный сотрудник К.К.Рошковский (журналист по образованию). В музее работают еще 2 специалиста лаборанта-исследователя.
В основу тематико-экспозиционного плана музея была положена периодизация деятельности центра: 1944-1961 гг. (период становления  и развития в направлении многопроблемности в том числе в составе учреждений Министерства здравоохранения СССР в 1948  по 1959 гг.).; 1962-1982 гг. (реорганизация института под руководством академика АМН СССР А.В.Снежневского как монопроблемного учреждения АМН СССР); с 1982 по настоящее время (организация и функционирование как Научного центра психического здоровья АМН СССР (и РАМН в  дальнейшем).
Работа центра в указанные периоды представлена в музей в разных формах экспозиции: в виде большой портретной галереи крупнейших деятелей отечественной психиатрии у ученых центра, дополненной фотоальбомами сотрудников с информацией об их деятельности, сведениями всех проведенных научных мероприятий, схемами трансформации структуры центра и др. Кроме того фотодокументы, отражающие историю центра систематизированы в тематических альбомах (В.А.Гиляровский, А.В.Снежневский, международная деятельность, Суздальские школы, Костромская школа,  симпозиумы, 60 лет НЦПЗ, Сибирский филиал и др.).
Музей размещен в помещении, организующим элементом которого является мемориальный кабинет первого директора Института психиатрии АМН СССР В.А.Гиляровского. Здесь же расположены некоторые личные вещи А.В.Снежневского и М.Е.Вартаняна, их дипломы, награды, книги и др.
Текущая работа сотрудников музея состоит в расширении экспозиции, создании  новых тематических стендов, альбомов, отражающих историю отдельных подразделений центра, обеспечении справочным историческим материалом в других психиатрических учреждений. Важным разделом работ является ежегодное чтение лекции по истории ФГБНУ НЦПЗ для новых сотрудников (аспирантов, ординаторов и др.), а также фото-документация текущих научных и общественных  событий, происходящих в центре.