Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научный центр психического здоровья" (ФГБНУ НЦПЗ) является головным научным учреждением в области психиатрии в России. В Центре разрабатываются новые научные направления в психиатрии, на основе надежных методологических подходов, неоднократно апробированных на практике и в научной деятельности.  В процессе проведенных научных исследований появилась возможность углубленно подойти к клинико-патогенетическому и клинико-катамнестическому изучению эндогенных психозов, подробно исследовать сравнительно-возрастной аспект этих проблем; изучать постинсультные психические расстройства; создать классификацию расстройств аутистического спектра;  получили развитие исследования деменций  позднего возраста, среди которых значительное место занимает исследование проблем болезни Альцгеймера и деменций Альцгеймеровского типа. В области пограничной психиатрии в Центре углубленно разрабатывается проблема психосоматических расстройств при различных соматических заболеваниях (онкология, кардиология, дерматология).
Кроме этого, в Центре разрабатываются модели организации служб психического здоровья, проводятся широкие клинико-эпидемиологические и клинико-социально-демографические исследования,  разработаны прогностические модели показателей болезненности психических расстройств, суицидов, инвалидизации населения России, которые могут быть использованы для оптимального планирования структуры системы психиатрической помощи и медико-социальных программ, оперативного мониторинга психического здоровья населения РФ. Сотрудники Центра принимали активное участие в разработке Закона Российской  Федерации «О психиатрической помощи и правах граждан при её оказании» и участвует во внесение дополнений и изменений  в указанный закон.
В области биологической психиатрии выявлен ряд нейроиммунных и электофизиологических параметров, которые можно применять в персонифицированной оценке эффективности психофармакотерапии. В области геномных иссследований показана роль хромосомного мозаицизма в патогенезе аутистических расстройств,  обнаружены новые генетические аномалии; получены новые данные в области протеомных исследований мозга; выявлены тромбоцитарные маркеры эффективности психотропной терапии; обнаружены биологические маркеры нарушений функций ЦНС, которые можно использовать в последующей разработке тест-систем для формирования групп риска, а также мониторинга состояния пациентов с эндогенными психическими расстройствами; выявлены потенциальные маркеры синдрома мягкого когнитивного снижения и болезни Альцгеймера - шаг к созданию сверхранней диагностики и профилактики болезни Альцгеймера
В Центре постоянно развиваются психофармакологические исследования, которые проводятся в соответствии с современной методологией их проведения на основании правил качественной клинической практики (GCP) и требований доказательной медицины. Помимо клинического испытания новых психотропных средств в Центре широко представлены международные мультицентровые психофармакологические программы по доклиническому и клиническому изучению новых психофармакологических средств по конкретным показаниям к их применению при отдельных психических заболеваниях; разрабатываются вопросы сравнительно-возрастной оценки психотропного действия психофармакологических препаратов, их эффективности и переносимости (индивидуальной чувствительности).
    
В ФГБНУ НЦПЗ ежегодно проводятся научно-практические конференции, в том числе с международным участием, по актуальным вопросам современной клинической и биологической психиатрии. Сотрудники Центра принимают активное участие в работе отечественных и зарубежных конгрессов, съездов, конференций, семинаров.  Стало уже многолетней традицией проведение ежегодных совместных конференций с Медицинским центром при Президенте РФ.
На базе НЦПЗ как головного научного психиатрического учреждения работает межведомственный научный совет  РАН и МЗ РФ по проблемам психиатрии. В его работе участвуют ведущие психиатры страны из других НИИ и кафедр психиатрии. Сотрудники Центра возглавляют входящие в него проблемные комиссии по отдельным научным направлениям в психиатрии, в их задачи входит обсуждение наиболее значимых для науки и практики современных достижений в психиатрии, определение их перспективности, путей развития и утверждения рекомендаций для дальнейшего использования.