Единой классификации психических нарушений, наблюдаемых при инфекционно-органических заболеваниях, нет. Наиболее часто их деление проводится по этиологическому принципу с дифференциацией вирусных и бактериальных болезней, а внутри этих групп — по виду возбудителя. В рамках таких классификаций иногда используются дополнительное выделение эпидемических и спорадических форм заболеваний, а также разделение их по анатомическому признаку (болезни с преимущественно полушарной, мозжечковой, корковой, стволовой и другой локализацией).

С клинической точки зрения большее значение для диагностики психических расстройств имеет классификация, в которой учитывается не только природа нейроинфекции, но и характер патологического процесса в его анатомическом выражении, т. е. выделение психических нарушений при энцефалитах, менингитах, энцефаломенингитах и др.

Существует также разделение инфекционно-органических заболеваний мозга на первичные и вторичные. К первичным принято относить формы, при которых паренхима мозга поражается непосредственно инфекционным агентом. Эта группа заболеваний отличается особенно тяжелым течением и высоким риском развития выраженного психоорганического синдрома (деменция, грубые нарушения поведения). Вторичные формы включают параинфекционные и постинфекционные поражения нервной системы, развивающиеся на фоне основной болезни. К таким формам относится и уже упоминавшаяся вторичная энцефалопатия (токсического, сосудистого и иного происхождения). При вторичных формах течение заболевания отличается относительной доброкачественностью, и развивающийся в этих случаях психоорганический синдром характеризуется нерезко выраженными интеллектуально-мнестическими нарушениями и поведенческими расстройствами.

Достаточно сложной и многоуровневой является диагностика инфекционно-органических заболеваний по МКБ-10. основная их оценка должна проводиться по рубрикам, входящим в главу V «Психические и поведенческие расстройства» и составляющими раздел «Органические, включая симптоматические, психические расстройства» (рубрики F00-F09). Если речь идет о деменциях, то в этом случае имеется возможность обозначить её соответствующей рубрикой, например, деменцию при СПИДе - F02.4, при болезни Крейцфельда-Якоба - F02.1, другие деменции - F02.8 или F03. Аналогичным образом могут быть обозначены делириозные состояния, галлюцинозы, расстройства личности и поведения, а также неуточненные органические или симптоматические психические расстройства. Во всех этих случаях имеется в виду только синдромальная квалификация психических нарушений.

Для определения же нозологической принадлежности синдрома требуется введение дополнительных рубрик из глав МКБ-10, относящихся к неврологии: «Вирусные инфекции ЦНС» (рубрики А или В), «Воспалительные болезни ЦНС» (рубрика J). Отдельные рубрики в рамках А, В или J обозначают конкретные заболевания и их варианты.